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        <dc:description xml:lang="en">&lt;html&gt;&lt;body&gt;&lt;title&gt;AT1G47770.1&lt;/title&gt;(&amp;uarr; Click "Links", if this line appears at the beginning.)&lt;br&gt;&lt;H1&gt;Other supporting information&lt;/H1&gt;&lt;table&gt;&lt;tr&gt;&lt;td colspan="2" align="left"&gt;&lt;b&gt;Gene Model&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td NOWRAP width="75"&gt;&lt;/td&gt;&lt;td NOWRAP&gt;&lt;img src="/dbfiles/SciNetS_ria227i/cria227s2i/cria227s2ria227u124777001000i/AT1G47770.1.gene_models.png" width="717"&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td colspan=2 align="left"&gt;&lt;b&gt;Correlation Plot&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td NOWRAP colspan="2" align="left"&gt;&lt;img src="/dbfiles/SciNetS_ria227i/cria227s2i/cria227s2ria227u124777001000i/AT1G47770.1.CorrPlot.jpg" width="800"&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;hr&gt;&lt;b&gt;Expression profile (Values are plotted in Log(2) values.)&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;img src="/dbfiles/SciNetS_ria227i/cria227s2i/cria227s2ria227u124777001000i/AT1G47770.1.F0.Expression.png"&gt;&lt;br&gt;&lt;hr&gt;&lt;b&gt;Genes with related expresssion profiles.&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;table border=1&gt;&lt;tr&gt;&lt;th colspan=7 align="left"&gt;Positively Correlated Genes&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;th&gt;Gens&lt;/th&gt;&lt;th&gt;PCC&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Overlap gene&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Overlap gene(antisense)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u322410001000i"&gt;AT3G24100.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.756333&lt;/td&gt;&lt;td&gt;FUNCTIONS IN: molecular_function unknown&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT3P009160&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u221020501000i"&gt;AT2G10205.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.744483&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable element gene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u522809001000i"&gt;AT5G28090.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.727289&lt;/td&gt;&lt;td&gt;unknown protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u423461001000i"&gt;AT4G34610.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.726648&lt;/td&gt;&lt;td&gt;BLH6 (BELL1-LIKE HOMEODOMAIN 6)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT4P110100&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u521947001000i"&gt;AT5G19470.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.726548&lt;/td&gt;&lt;td&gt;atnudt24 (Arabidopsis thaliana Nudix hydrolase homolog 24)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u121071001000i"&gt;AT1G10710.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.712236&lt;/td&gt;&lt;td&gt;Computational predictions suggested the presence of a small cysteine-rich protein beginning in intron 9 (Silverstein 2007), but subsequent analysis revealed that this region contains a tenth exon for the At1g10710 gene.&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u222348001000i"&gt;AT2G23480.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.711304&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable element gene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u221116801000i"&gt;AT2G11168.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.701468&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable element gene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u122936001000i"&gt;AT1G29360.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.693248&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable element gene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u324276301000i"&gt;AT3G42763.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0.686707&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable element gene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;th colspan=7 align="left"&gt;Negatively Correlated Genes&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;th&gt;Gens&lt;/th&gt;&lt;th&gt;PCC&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Overlap gene&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Overlap gene(antisense)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Definition&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u127725001000i"&gt;AT1G77250.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.790882&lt;/td&gt;&lt;td&gt;PHD finger family protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u125624001000i"&gt;AT1G56240.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.766955&lt;/td&gt;&lt;td&gt;AtPP2-B13 (Phloem protein 2-B13)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT1P114030&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u525976001000i"&gt;AT5G59760.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.765078&lt;/td&gt;&lt;td&gt;unknown protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u421852001000i"&gt;AT4G18520.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.761389&lt;/td&gt;&lt;td&gt;INVOLVED IN: biological_process unknown&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT4P104660&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u321444001000i"&gt;AT3G14440.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.740941&lt;/td&gt;&lt;td&gt;NCED3 (NINE-CIS-EPOXYCAROTENOID DIOXYGENASE 3)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT3P104920&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u423195001000i"&gt;AT4G31950.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.730886&lt;/td&gt;&lt;td&gt;CYP82C3&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u524785001000i"&gt;AT5G47850.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.728956&lt;/td&gt;&lt;td&gt;CCR4 (ARABIDOPSIS THALIANA CRINKLY4 RELATED 4)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u324611001000i"&gt;AT3G46110.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.724631&lt;/td&gt;&lt;td&gt;unknown protein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT3P011880&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u220201001000i"&gt;AT2G02010.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.72246&lt;/td&gt;&lt;td&gt;GAD4 (glutamate decarboxylase 4)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;OMAT2P100440&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s2ria00227u224709001000i"&gt;AT2G47090.1&lt;/a&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-0.719295&lt;/td&gt;&lt;td&gt;nucleic acid binding / protein binding / zinc ion binding&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;br&gt;&lt;a href="/dbfiles/SciNetS_ria227i/cria227s2i/cria227s2ria227u124777001000i/AT1G47770.1-correlation.txt"&gt;Get whole results&lt;/a&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt; &lt;HR&gt;&lt;b&gt;Over-Representation Analysis Result&lt;/b&gt;&lt;br&gt;&lt;br&gt;&lt;table border="1"&gt;&lt;tr bgcolor=#FF69B4&gt;&lt;td&gt;&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value&lt;/td&gt;&lt;td&gt; &lt;= 1.00e-06&lt;/td&gt;&lt;td&gt;:20 terms with high significance&lt;/td&gt;&lt;/a&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFACD&gt;&lt;td&gt;1.00e-06 &lt; &lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value&lt;/td&gt;&lt;td&gt; &lt;= 8.76e-06&lt;/td&gt;&lt;td&gt;                  :With considering multiple testing correction;&lt;br&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt; &lt;=  1.00e-02 / 1142&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;8.76e-06 &lt; &lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value&lt;/td&gt;&lt;td&gt; &lt;= 1.00e-02&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;br&gt;&lt;table border="1"&gt;&lt;tr&gt;&lt;th&gt;Type of term (*1)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Depth of the term in ontology tree&lt;/th&gt;&lt;th&gt;ID/Term&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Description&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Number of genes&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Over-Representative rate (*2)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;&lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value (*3)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;PosMed &lt;i&gt;p&lt;/i&gt;-value (*4)&lt;br&gt; (Link to PosMed)&lt;/th&gt;&lt;th&gt;Found on gene annotation&lt;/th&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFACD&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable_element_gene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;46/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.96&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.21e-06&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFACD&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;transposable&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;46/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.96&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.23e-06&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFACD&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;element&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;46/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.92&lt;/td&gt;&lt;td&gt;3.70e-06&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;pseudogene&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;23/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.23&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.09e-04&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;value&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;32/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.91&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.40e-04&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;polyprotein&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;10/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.78&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.06e-03&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;hypothetical&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;13/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.24&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.23e-03&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr bgcolor=#FFFFFF&gt;&lt;td&gt;KW&lt;/td&gt;&lt;td&gt;0&lt;/td&gt;&lt;td&gt;retrotransposon&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;19/200&lt;/td&gt;&lt;td&gt;1.88&lt;/td&gt;&lt;td&gt;2.98e-03&lt;/td&gt;&lt;td&gt;-&lt;/td&gt;&lt;td&gt;no&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;table&gt;&lt;tr&gt;&lt;td valign=top&gt;(*1)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;[KW]:words found in gene description.&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td valign=top&gt;(*2)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;([# of genes with the term] / [# of sampling (200)]) / ([# of genes with the term among whole genes] / [# of whole genes])          &lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td valign=top&gt;(*3)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;P-values were calculated on hypergeometric distribution in which we found &lt;i&gt;n&lt;/i&gt; genes with a annotation term during 200           highly correlated genes, while we had &lt;i&gt;N&lt;/i&gt; genes           with the term in the whole genes.&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;tr&gt;&lt;td valign=top&gt;(*4)&lt;/td&gt;&lt;td&gt;&lt;a href="http://omicspace.riken.jp/PosMed-plus/"&gt;PosMed&lt;/a&gt; is a system which serve a p-values showing a relationship           between the gene and the annotation term based on literature information and Gene-Gene interaction suchas co-expression or           protein-protein interactions.&lt;/td&gt;&lt;/tr&gt;&lt;/table&gt;&lt;hr&gt;&lt;a href="/db/SciNetS_ria227i/cria227s904i"&gt;Top Page&lt;/a&gt;&lt;/body&gt;&lt;/html&gt;</dc:description>
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